Marek Bakoš nakoukl do velkého fotbalu v dresu Nitry, ale jméno si udělal především při následujícím angažmá v týmu Púchova. V roce 2006 následoval přesun do ruského Šinniku Jaroslavl, ale poté, co klub spadl, přestoupil v únoru 2007 do Rožumberoku. V týmu Michala Bílka navlékl v této sezoně dokonce kapitánskou pásku a v podzimní části si připsal šest branek.

Slibnou sezonu někdejšího slovenského mládežnického reprezentanta překazila až operace křížového kolenního vazu, které se 184 centimetrů vysoký útočník podrobil na začátku ledna. Start letní přípravy v dresu Viktorie Plzeň by však již měl stihnout.